Структурні підрозділи територіальних органів ДФС, відповідно до функцій, передбачених Податковим кодексом України, постійно здійснюють контроль за дотриманням платниками податкового законодавства, в тому числі норм, що регламентують правові засади застосування спрощеної системи оподаткування, обліку та звітності.

Так, за результатами контрольно-перевірочної роботи, проведеної стосовно фізичних осіб-підприємців, що обрали спрощену систему оподаткування, працівниками територіальних органів ДФС доволі часто встановлюються порушення вимог глави 1 Розділу XIV Податкового кодексу України. Зокрема: -перевищення встановленого обсягу доходу платниками єдиного податку першої-третьої груп та нездійснення такими платниками переходу на застосування іншої групи платника або на сплату інших податків і зборів; - застосування платником єдиного податку способу розрахунків, відмінного від готівкового або безготівкового; - здійснення видів діяльності, які не дають права застосовувати спрощену систему оподаткування; -здійснення видів діяльності, не зазначених у реєстрі платників єдиного податку; -перевищення (для відповідної групи) граничної чисельності фізичних осіб, які перебувають у трудових відносинах з платником єдиного податку; -використання праці найманих осіб без належного оформлення трудових відносин та виплата заробітної плати «в конвертах». Крім того, встановлюються порушення порядку ведення книги обліку доходів або книги обліку доходів і витрат, правильності обчислення, своєчасності сплати сум єдиного податку і своєчасності подання податкових декларацій. Якщо контролюючий орган під час проведення перевірки виявив порушення платником єдиного податку вимог, встановлених главою 1 Розділу XIV Податкового кодексу України, анулювання реєстрації такого платника проводиться за рішенням органу, прийнятим на підставі акта перевірки, з першого числа місяця, наступного за кварталом, в якому допущено порушення. У такому випадку суб'єкт господарювання має право обрати або перейти на спрощену систему оподаткування після закінчення чотирьох послідовних кварталів з моменту прийняття рішення контролюючим органом. Богдухівська ОДПІ наголошує платникам єдиного податку на необхідності в своїй господарській діяльності чітко дотримуватись вимог законодавства задля упередження в подальшому донарахувань податків та застосування штрафних санкцій контролюючим органом.