Сільськогосподарські підприємства використовують у системі електронного адміністрування ПДВ два електронних рахунки: основний та додатковий.

Основний електронний рахунок призначається для проведення розрахунків з бюджетом. На основний електронний рахунок сільськогосподарські підприємства перераховують зі свого поточного рахунку кошти в сумах, необхідних для реєстрації податкових накладних по діяльності іншій, ніж сільськогосподарська. З основного електронного рахунку кошти перераховуються до бюджету у порядку, передбаченому п. 200.2 ст. 200 Податкового кодексу України (далі – ПКУ). Так, відповідно ДФС на підставі поданих платниками податкових декларацій з податку на додану вартість (форма декларації 0110) автоматично формує реєстр та не пізніше ніж за три робочі дні до закінчення граничного строку для самостійної сплати податкових зобов’язань надсилає його Казначейству, яке здійснює перерахування коштів до бюджету з основного електронного рахунку в рахунок погашення податкових зобов’язань сільськогосподарського підприємства перед бюджетом. Додатковий електронний рахунок призначений для перерахування коштів на спеціальні рахунки сільськогосподарських підприємств. На цей рахунок сільськогосподарським підприємством зараховуються кошти з поточного рахунку в сумі, необхідній для реєстрації податкових накладних, які складаються сільськогосподарським підприємством при здійсненні операцій з постачання сільськогосподарських товарів/послуг у межах спеціального режиму оподаткування. З додаткового електронного рахунку кошти автоматично перераховуються Казначейством на спеціальні рахунки сільськогосподарських підприємств протягом операційного дня, в якому кошти надійшли на такі електронні рахунки (п. 209.2 ст. 209 ПКУ). Реквізити спеціального рахунку сільськогосподарське підприємство зобов’язане зазначати у податковій декларації з податку на додану вартість. До настання граничних термінів, передбачених для сплати задекларованих податкових зобов’язань, необхідно, щоб загальна сума перерахованих коштів на додатковий електронний рахунок, з якого кошти автоматично списуються на спеціальний рахунок, була не менше суми податкових зобов’язань, задекларованих таким сільськогосподарським підприємством у податковій декларації з податку на додану вартість, в якій відображаються результати діяльності в межах спеціального режиму оподаткування за результатами відповідного звітного (податкового) періоду (далі - декларації 0121 - 0123). Якщо сільськогосподарським підприємством до граничної дати, встановленої для сплати податку, було перераховано на додатковий електронний рахунок (та з додаткового рахунку перераховано Казначейством на його спеціальний рахунок) суму коштів, більшу ніж задекларовано в деклараціях 0121 - 0123 за наслідками звітного періоду, то зайво перерахована на додатковий електронний рахунок сума коштів вважається переплатою. Така переплата поверненню із спеціального рахунку на поточний рахунок сільськогосподарського підприємства не підлягає та зараховується в рахунок погашення податкових зобов’язань наступних звітних періодів. А якщо сільськогосподарським підприємством було перераховано на додатковий електронний рахунок меншу суму коштів, ніж задекларовано в деклараціях 0121 - 0123 за наслідками звітного періоду, то до завершення терміну, встановленого ПКУ для самостійної сплати узгоджених податкових зобов’язань, сільськогосподарське підприємство зобов’язане на додатковий електронний рахунок перерахувати з поточного рахунку суму, якої недостатньо для перерахування на його спеціальний рахунок за наслідками відповідного звітного періоду (суму коштів, яка дорівнює різниці між раніше перерахованими сумами коштів та сумою податкового зобов’язання).