Порядок розгляду заперечень платника податків на акт перевірки визначено у Податковому кодексі України, пунктом 86.7 статті 86 якого передбачено, що у разі незгоди платника податків з висновками перевірки, викладеними в акті, вони мають право подати свої заперечення до контролюючого органу за основним місцем обліку протягом п'яти робочих днів з дня отримання акта. Такі заперечення розглядаються контролюючим органом протягом п'яти робочих днів, що настають за днем їх отримання.

Уповноважена особа або представник платника податків має право брати участь у розгляді заперечень, про що такий платник податку зазначає у запереченнях, а контролюючий орган зобов'язаний повідомити такого платника податків про місце і час проведення такого розгляду. За результатами розгляду заперечень складається висновок, у якому зазначаються наведені в акті документальної перевірки висновки, факти та дані, щодо яких надано заперечення платником податків, короткий зміст заперечень, наводиться обґрунтування позиції контролюючого органу стосовно кожного питання, порушеного в запереченнях, та підбиваються підсумки щодо обґрунтованості заперечень. На підставі висновку складається обґрунтована письмова відповідь щодо результатів розгляду заперечень, яка надсилається платнику податків. Зазначений висновок є складовою частиною матеріалів документальної перевірки, залишається в контролюючому органі та враховується керівником контролюючого органу при їх розгляді і прийнятті податкового повідомлення-рішення. Відповідно до четвертого абзацу пункту 86.7 статті 86 Податкового кодексу рішення про визначення грошових зобов'язань приймається керівником контролюючого органу (або його заступником) з урахуванням результатів розгляду заперечень платника податків (у разі їх наявності). Платник податків або його законний представник може бути присутнім під час прийняття такого рішення.