Суму податкових зобов’язань, належних до сплати в бюджет, платники податку, як і встановлено Кодексом, визначають самостійно, виходячи з результатів діяльності за відповідний звітний період. Така сума декларується в податковій декларації платника ПДВ.
Якщо за результатами звітного податкового періоду платником податку задекларовано в податковій декларації з ПДВ сума податку до сплати в бюджет, то така сума підлягає перерахуванню до бюджету та/або на спеціальний рахунок платника податку. Таке перерахування здійснюється на підставі реєстру, який автоматично формується ДФС на підставі поданих платниками податкових декларацій з ПДВ, та не пізніше ніж за три робочі дні до закінчення граничного строку для самостійної сплати податкових зобов’язань надсилається Казначейству. Перерахування суми податку до бюджету та/або на спеціальні рахунки платників податку з їх електронних рахунків здійснюється Казначейством не пізніше останнього дня строку для самостійної сплати податкових зобов’язань, в межах залишку таких коштів на електронних рахунках (пункт 21 Порядку №569). У випадку недостатності коштів на рахунку платника у системі електронного адміністрування податку для сплати до бюджету узгоджених податкових зобов'язань та/або для перерахування на спеціальний рахунок платник повинен у строки, встановлені Кодексом для самостійної сплати платником податкових зобов’язань, перерахувати з власного поточного рахунку на свій електронний рахунок кошти в недостатніх сумах. Якщо платник у строки, встановлені Кодексом для самостійної сплати платником податкових зобов’язань, не забезпечив наявність на його електронному рахунку коштів для сплати узгоджених податкових зобов'язань/перерахування на спеціальний рахунок, Казначейством виконання реєстрів, надісланих ДФС, здійснюється в межах залишку коштів на рахунку в системі електронного адміністрування податку. Невиконаний (не сплачений) по такому реєстру залишок узгоджених податкових зобов’язань платника обліковується Казначейством до повного виконання шляхом перерахування до бюджету/спеціального рахунку коштів, що перераховуються платником з власного поточного рахунку на його електронний рахунок (пункт 22 Порядку № 569). Пунктом 25 Порядку № 569 встановлено, що розрахунки з бюджетом у зв’язку з поданням уточнюючих розрахунків, сплата податкових зобов’язань, визначених контролюючим органом, та сплата штрафних санкцій і пені здійснюються платником податку до бюджету не з електронного рахунку, а з власного поточного рахунку. Тобто з електронного рахунку погашаються суми податкових зобов’язань, задекларованих платником податку в податкових деклараціях з ПДВ за звітні (податкові) періоди з 01.01.2015, а суми податкових зобов’язань з ПДВ, які платник визначив в уточнюючих розрахунках до податкових декларацій з ПДВ, суми ПДВ, донараховані платнику контролюючим органом за результатами перевірок, суми штрафів та пені сплачуються не з електронного рахунка платника, а з його поточного рахунка. Пунктами 26 та 27 Порядку № 569 встановлено правила повернення помилково та/або надміру зарахованих до бюджету коштів з електронного рахунку платника на його поточний рахунок у порядку, визначеному статтею 43 розділу ІІ Кодексу, в тому числі і у разі анулювання реєстрації платника податку. Таке повернення здійснюється за умови подання платником податків заяви у довільній формі протягом 1095 днів від дня виникнення помилково та/або надміру сплаченої суми, в якій має бути вказано поточний рахунок платника податків в установі банку, на який необхідно повернути такі суми з бюджету. Повернення таких сум здійснюється без використання електронного рахунка.
