Платникам податку, які застосовують спецрежим, в системі електронного адміністрування податку відкривається єдиний електронний рахунок для обліку сум податку як в межах діяльності, визначеної статтею 209 Кодексу, так і у межах іншої діяльності.
Такі платники реєструють в ЄРПН всі податкові накладні: як ті, що складені на операції з постачання товарів (послуг) в межах спецрежиму, так і ті, що складені у зв’язку з здійсненням інших операцій з постачання. Платники податку – суб’єкти спеціального режиму оподаткування повинні враховувати, що для реєстрації в ЄРПН всіх складених ними податкових накладних та розрахунків коригування як у зв’язку з постачанням товарів (послуг) в межах спецрежиму, так і у зв’язку з іншими операціями з постачання, здійснюється єдиний розрахунок реєстраційної суми (за формулою, визначеною пунктом 2001.3 статті 2001 Кодексу та пунктом 9 Порядку №569). У випадку якщо платником податку, який застосовує спецрежим, за результатами звітного періоду задекларовано суми податку, які підлягають сплаті як до бюджету так і на його спеціальний рахунок, кошти з його електронного рахунку у першу чергу перераховуються до бюджету, а у разі повного розрахунку з бюджетом – на спеціальний рахунок такого платника (пункт 22 Порядку № 569). Таке перерахування здійснюється на підставі реєстру, який автоматично формується ДФС на підставі поданих платниками податкових декларацій з ПДВ, та не пізніше ніж за три робочі дні до закінчення граничного строку для самостійної сплати податкових зобов’язань надсилається Казначейству. Перерахування суми податку до бюджету та/або на спеціальні рахунки платників податку з їх електронних рахунків здійснюється Казначейством не пізніше останнього дня строку для самостійної сплати податкових зобов’язань, в межах залишку таких коштів на електронних рахунках (пункт 21 Порядку №569). Зазначене правило стосується також і платників податку – сільськогосподарських підприємств усіх форм власності, які відповідають критеріям, визначеним статтею 209 розділу V Кодексу, але не зареєструвалися як суб’єкти спеціального режиму оподаткування. Для забезпечення в умовах дії системи електронного адміністрування ПДВ спрямування сум ПДВ на підтримку власного виробництва суб’єкти спецрежиму - платники ПДВ повинні надати контролюючому органу за місцем своєї реєстрації платником ПДВ інформацію щодо даних реквізитів поточного рахунку, на який має бути перерахована відповідна сума з електронного рахунка такого платника, та актуалізувати такі дані у разі зміни реквізитів поточного рахунка.