Оновлений реєстр та порядок його ведення затверджений наказом Міністерства фінансів України від 17.12.2012 р. № 1340.
Форма Реєстру виданих і отриманих податкових накладних містить наступні нововведення:

- змінена графа 12 Розділа I, в якій необхідно відображати базу оподаткування тільки по товарах, вивезених за межі митної території України;
- додана графа 13 у Розділ I, у якій буде вказуватися поставка послуг за межами митної території України й послуги, місце поставки яких визначено за межами митної території України